Le CEN L-R a pour objectifs statutaires "la conservation et la mise en valeur du patrimoine naturel du Languedoc-Roussillon".
Il s'emploie à développer la concertation entre tous les partenaires pour assurer la préservation, la connaissance, la gestion et éventuellement la réhabilitation des espaces et ressources naturels et la promotion de leurs valeurs culturelles et économiques.